一是过滤介质问题。随着运行时间的增加，过滤介质表面会截留大量杂质，当杂质积累过多时，会堵塞介质的孔隙，使水流通过的阻力增大，过滤效果下降。例如，石英砂表面被泥沙等杂质覆盖，会降低其对悬浮物的拦截能力。另外，过滤介质可能会因磨损、腐蚀等原因出现损耗，导致粒径变化或介质流失。如无烟煤在反冲洗过程中可能因水流冲击力过大而部分流失，使得过滤层级结构被破坏，影响整体过滤效果。还有，如果介质长时间使用后活性降低，像锰砂对铁锰离子的催化氧化能力减弱，就无法有效去除水中的铁锰杂质。
二是水流分布不均。过滤器内部的布水装置如果出现故障，如布水孔堵塞、布水管破裂等，会导致水流在过滤器内分布不均匀。部分区域水流过大，过滤时间过短，杂质来不及被充分截留就流出过滤器；而部分区域水流过小，无法发挥过滤作用，从而使整体过滤效果变差。此外，过滤器进出口管道的连接方式不合理，也可能造成水流短路，使部分原水未经有效过滤就直接流出。
三是反冲洗不彻底。反冲洗是恢复过滤器性能的关键环节。如果反冲洗水的流量、压力不足，无法将截留的杂质完全冲掉，杂质就会在介质表面逐渐积累，影响过滤效果。反冲洗时间过短也会导致清洗不充分。另外，反冲洗的排水系统不畅，使得反冲洗后的污水不能及时排出，又重新混入过滤后的水中，也会降低水质。
四是原水水质变化。如果原水的水质突然变差，如悬浮物含量大幅增加、有机物浓度升高、铁锰离子含量超标等，超出了过滤器的设计处理能力，就会导致过滤效果下降。例如，当水源受到污染，水中泥沙等悬浮物大量增加，多介质过滤器可能无法及时将其全部截留，造成出水水质浑浊。
五是设备故障。过滤器的阀门故障，如阀门关闭不严，会导致部分水流旁通，未经过滤直接流出。仪表故障可能导致运行参数监测不准确，无法及时发现过滤器运行中的问题并进行调整，从而影响过滤效果。设备的罐体如果出现破损、泄漏等情况，也会破坏过滤系统的正常运行，降低过滤效果。
